中國科學院微生物研究所（以下簡稱微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中國科學院應用真菌研究所和中國科學院北京微生物研究室，目前已發展成為一個具有雄厚基礎、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學研究和微生物技術研發機構。以微生物資源、微生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域。
研究所在H5N6、H7N9等流感病毒、埃博拉病毒、寨卡病毒、基孔肯雅熱、B族腸道病毒、非洲豬瘟病毒、裂谷熱病毒等多個方面獲得了重要研究進展，成功研發流感病毒多價疫苗、中東呼吸綜合征（MERS-CoV）廣譜中和抗體、寨卡病毒疫苗，開發重組干擾素抗病毒生物制品。同時，對我國和世界禽流感防控提出專家建議并被采納。研究所在動、植物病毒入侵與寄主互作機制、效應性Treg細胞分化、生物光伏系統的創建、釀酒酵母進化與分化過程、聚酮類藥物產量提升、羥基酪醇生物合成與厭氧菌中次級代謝產物的挖掘等領域做出了重要原創性成果。
截至2019年底，共有國家“萬人計劃”創新領軍人才入選者1人；國家百千萬領軍工程入選者新增1人；國家政府特殊津貼新增1人；國家杰出青年科學基金獲得者13人（新增1人）；國家優秀青年科學基金獲得者12人（新增3人）；中國科學院“青年創新促進會”入選者30人（新增3人），優秀會員5人（新增2人）。
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